Ich hatte auf einem frischen Server Typo3 9.5.14 installiert und ein Seitengerüst eingerichtet, das auch im Frontend ohne Probleme lief. Nachdem ich die Site Configuration eingerichtet habe, gingen alle Links der Menüpunkte ins Leere, und ich erhielt auf allen Seiten:

Not Found
The requested URL was not found on this server.

Bei Eingabe von z. B. index.php?id=2 wurde die Seite jedoch wieder korrekt aufgerufen.

Anschließend habe ich in der die Datei /etc/apache2/apache2.conf folgende Änderungen vorgenommen. Statt:

Directory /var/www/
   Options Indexes FollowSymLinks
   AllowOverride None
   Require all granted

sollte es heißen:

Directory /var/www/
   Options Indexes FollowSymLinks
   AllowOverride All
   Require all granted

Anschließend habe ich Apache mit

sudo service apache2 restart

noch einmal neu gestartet, und schon wurden mir alle URLs auf die korrekte Seite geleitet.